PNAS：剑桥最新力作揭示新冠起源和传播，不同地区新冠病毒存在显著差异-钛媒体官方网站

4月8日，剑桥大学Peter Forster等人在《美国科学院院报》（PNAS）上在线发表了题为《Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes》的学术文章，引起了人们对新冠病毒起源和传播途径的一些思考与讨论。

文丨学术头条

该研究基于GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)，对160个完整的人类SARS-Cov-2基因组进行了系统发育网络分析。根据氨基酸变化，研究人员发现了3个中心变异体（命名为 A、B 和 C）。

其中A是蝙蝠外群冠状病毒的祖先类型；A型和C型在东亚以外的地区（也就是欧洲和美国）的比例很高；B型是东亚地区最常见的类型，且其祖先基因组似乎在没有首先突变为衍生B型就没有在东亚以外地区传播，这表明在亚洲以外地区对该类型具有“奠基效应”（founder effects）或免疫或环境抗性。

天津大学生物安全战略研究中心的王方忠、张卫文教授曾在《新华网》中撰文《病毒溯源是疫情防控“必答题”》，指出：1.病毒溯源堪称疫情防治的核心，其目的是找到病毒传播源头，摸清病毒初始传播途径、突变规律和潜在风险，从病毒源头为疫情防控提供重要的科学依据，防止以后类似疫情的发生。2.病毒溯源能为疫苗研发提供科学保障，通过这一工作能分离大量病毒毒株，是疫苗研发的宝贵资源。3.病毒溯源是击碎“阴谋论”的最佳武器，只要找到病毒源头，任何处心积虑的相关谣言都将不攻而破。4.病毒溯源也是最好的教育，它将提醒人们保护野生动物，敬畏自然，走人与自然和谐发展之路。

目前，全球相关科研人员正在为病毒溯源而不懈努力、积极奋斗着。我国早在1月10日就发布了新型冠状病毒基因组全序列；1月23日，中国科学院武汉病毒所研究提出蝙蝠可能是新冠病毒的自然宿主；2月7日，华南农业大学等机构联合发文，称穿山甲是新冠病毒的潜在中间宿主；2月18日，香港大学、广西医科大学联合发表文章，也认为穿山甲是潜在中间宿主之一。

2月20日，中国科学院西双版纳热带植物园在其官方网站上发布了《版纳植物园基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播》的文章，他们联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到 GISAID 数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止 2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。

研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组，包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3 和 H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56 和 mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是 12月8日和1月6日）。

A、B：新型冠状病毒58种单倍型的演化关系和地理分布格局；C：单倍型之间的可能演化关系；D：新型冠状病毒的可能传播和扩散路线。A和B圆圈中的数据是样本数量。

但是，这些成果仍难构成病毒溯源的完整证据链。

来自剑桥大学的研究人员基于GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)，对 160 个完整的人类SARS-Cov-2基因组进行了系统发育网络分析。截至2020年3月上旬，GISAID数据库收录了 253 个自2019年12月以来由世界各地的临床医生和研究人员提供的SARS-CoV-2完整和部分基因组。

GISAID数据库中的hCoV-19基因组流行病学

根据氨基酸变化，研究人员发现了3个中心变异体（命名为 A、B 和C）。其中 A 是蝙蝠外群冠状病毒的祖先类型；A型和C型在东亚以外的地区（也就是欧洲和美国）的比例很高；B型是东亚地区最常见的类型，且其祖先基因组似乎在没有首先突变为衍生B型就没有在东亚以外地区传播，这表明在亚洲以外地区对该类型具有“奠基效应”（founder effects）或免疫或环境抗性。

A型有两个亚簇，以同义突变T29095C区分。在 T 等位基因亚簇中，4个中国人（来自中国南方沿海省份广东）携带祖先基因组，而3个日本患者和2个美国患者因一些突变而不同；据报道，这些美国患者曾在武汉疑似疫情暴发地居住过。C等位基因亚簇具有相对较长的突变分支，包括来自武汉的5个人（其中2个位于祖先节点），另外8个来自中国及邻近国家的东亚人；值得注意的是，该亚簇中将近一半（15/33）类型位于东亚以外地区，主要位于美国和澳大利亚。

对于B型，主要存在于武汉（n=22）、中国东部其他地区（n=31）以及邻近的亚洲国家（n=21）。在东亚以外地区，在美国和加拿大的病毒基因组中发现了10种B型、墨西哥1种、法国4种、德国2种、意大利和澳大利亚各1种。节点B通过两个突变从A型衍生而来：同义突变T8782C和非同义突变C28144T。在突变分支长度方面，B型引人注目：虽然祖先的B型被东亚人独占（26/26），但亚洲以外的B型基因组都发生了突变（19/19）。

C型与其亲本B 型的区别在于非同义突变G26144T。在数据集中，这是主要的欧洲类型（n=11），在法国、意大利、瑞典和英国以及加利福尼亚和巴西都有代表。它在中国大陆的样本中不存在，但在新加坡很明显（n=5），在香港、台湾和韩国也有发现。